Nová verze varianty Omicron je záludný malý bastard

Svět


Nová verze varianty Omicron je záludný malý bastard

Existuje nová forma Omikronová varianta koronaviru —ten, o kterém odborníci říkají, že je těžké odlišit od Delta varianta pomocí standardní polymerázové řetězové reakce nebo PCR testů.

Vzhled této záludné podvarianty „BA.2“ – „sublineage“, je vědecký termín – je nejnovějším vývojem ve stále se rozvíjející krizi, kterou základní BA.1 Omicron vyvolal poté, co zdravotničtí představitelé v Jižní Africe potvrdil novou linii , s desítkami klíčových mutací, před dvěma týdny.


Těžko rozlišitelná podřada BA.2 je také silnou připomínkou neočkovaný aby se nechali očkovat, a neposílené, aby se posílili. Je toho hodně, co o Omicronu a jeho podliniích nevíme, ale první známky ukazují, že přední vakcíny stále fungují dobře proti nim . A samozřejmě všechny údery fungují ještě lépe s booster shotem.

Vědci poprvé objevili záludný BA.2 před několika dny poté, co geneticky sekvenovali dávku testovacích vzorků, které úředníci v Jižní Afrika , Austrálie a Kanada. Subvarianta byla dosud identifikována ve 30 zemích a šesti kontinentech.

'Stále to můžete detekovat pomocí PCR, ale nemůžete to odlišit od dominantního kmene Delta,' řekl listu The Daily Beast Rob Knight, vedoucí genetické výpočetní laboratoře na University of California v San Diegu. Jinými slovy, test PCR vám může říct, že máte COVID, ale můženeříct, že jste konkrétně chytili BA.2.

Abychom byli spravedliví, ta nerozlišitelnost by mohl být problém. Pokud se ukáže, že Omicron a jeho podskupiny jsou nebezpečnější než Delta a její podskupiny, pak by bylo opravdu důležité přesně vědět, kolik případů Omicron je podmnožinou všech infekcí COVID. To znamená, jak daleko do populace Omicron „pronikl“, abychom si vypůjčili epidemiologický termín.


„Je možné, že tato takzvaná ‚neviditelná varianta‘ může znamenat, že cirkuluje více těchto znepokojivých variant, než si uvědomujeme,“ řekl deníku The Daily Beast Lawrence Gostin, odborník na globální zdraví z Georgetownské univerzity. To neznamená, že nejsme schopni posoudit potenciální nárůst Omikronů v případech, které, jak se zdá, již probíhají ve většině světa. Toděláto znamená, že hrajeme na dohánění, když vylepšujeme naše testy PCR a provádíme podrobnější genetické sekvenování vzorků.

Dr. Lawrence Gostin to nazývá „skrytou variantou“.

Chip Somodevilla/Getty

Abyste pochopili, jak se BA.2 může skrývat za Deltou, a tím potenciálně zakrývat skutečný rozsah rozšíření Omicron, musíte pochopit, jak fungují testy PCR. PCR zahrnuje vzorek potenciálního viru a „primer“, který tvůrci testu přizpůsobili tak, aby povzbudil virus k replikaci. Vystavte vzorek základnímu nátěru a chvíli počkejte. Pokud se virus replikuje, máte pozitivní výsledek testu.


Tady je úlovek. Testy PCR nejsou skvělé pro odlišení jedné linie konkrétního viru od druhé. Můžete navrhnout primer tak, aby odpovídal určitým jedinečným atributům linie, které se nejvíce obáváte, ale protože mnoho linií sdílí genetické rysy, test může být pozitivní na virus, ale neprůkazný pro linii.

Odborníci zpočátku doufali, že bychom mohli použít stejný test PCR, jaký jsme použili k detekci staré alfa linie SARS-CoV-2, abychom také našli Omicron. Je to proto, že Alpha i Omicron sdílejí genetický marker. 'Deleze aminokyselin 69 a 70 v genu Spike,' říká Niema Moshiri, genetička z Kalifornské univerzity v San Diegu.

Zde je problém. 'Nová podřada Omicron, BA.2, nemá toto odstranění,' řekl Moshiri The Daily Beast. Hádejte, jaký rodokmentakyvynechá toto smazání? Přesně tak: Delta. Takže laboratorní technici, kteří používají staré testy Alpha k hledání Omicronu, by mohli minout případy BA.2. Mezitím mohou technici hledající Deltu náhodně napočítat také spoustu případů BA.2.

Nejednoznačnost testování by nás mohla zpomalit, když se snažíme zjistit, jak špatný je Omicron a kde a jak rychle se šíří. Ale ve skutečnosti nám to nezabrání v pochopení nebo řešení nových linií a jejich podlinií.


Koneckonců, stále se spoléháme na podrobné genetické sekvenování, na rozdíl od rychlého testování PCR, abychom skutečně prozkoumali a sledovali nový koronavirus. 'Se sekvenováním bychom byli schopni určit rodokmen tak jako tak, bez ohledu na BA.1 nebo BA.2,' vysvětlil Moshiri.

Ale sekvenování je dražší než testování a trvá déle. 'Je to smysluplný problém,' řekl Knight.

Neschopnost BA.2 se schovat před sekvenováním je však důvodem, proč Keith Jerome, virolog z Washingtonské univerzity, řekl, že se tolik nebojí. Jeromeova laboratoř minulý týden odhalila první tři případy Omicronu ve státě Washington. Washington sekvenuje 14 procent testů, řekl Jerome, takže BA.2 nemůže zůstat dlouho skrytý. 'Tato podvarianta Omicronu by se mohla skrývat na den nebo dva, ale pokud se vůbec stane běžnou, najdeme ji pomocí náhodného sekvenování.'

Nezbývá než říci, ano, BA.2 je problém. Jak velký problém do značné míry závisí na tom, jak vážný Omicron se po dalším studiu ukáže. 'Mohlo by se stát, že tyto varianty mohou být přijaty jako nový postpandemický normál, stejně jako chřipka, v takovém případě testování - i když je důležité pro detekci hotspotů a pro posouzení nebo projekci pravděpodobné zátěže - nemusí být příliš důležité,' Edwin Michael, řekl deníku The Daily Beast epidemiolog z Centra pro výzkum infekčních nemocí Global Health na University of South Florida.

V každém případě je BA.2 problém se zřejmými řešeními. Nové PCR primery. Více sekvenování. A jako vždy roušky, vakcíny a posilovače . „Vím, že všichni jsou z Omicronu ‚nadšení‘,“ řekla listu The Daily Beast Stephanie Jamesová, vedoucí laboratoře pro testování COVID na Regis University v Coloradu. „Vědecká komunita však očekává varianty. Rada je stejná – nechte se očkovat a noste masku.“